有時單用MEBOER乙腈或MEBOER甲醇可能會達不到理想的分離效果，在流動相同時使用乙腈和甲醇可改變選擇性以獲得較好的分離效果。基于溶劑不同的選擇性，甲醇為類質子溶劑，可形成氫鍵，對于分離酸堿或電負性強的化合物可提高選擇性，乙腈為極性分子，其碳氮三鍵含有未成鍵電子，能與含有空軌道的化合物結合，則與甲醇有著不同的化合物選擇性。
　　通常MEBOER乙腈或MEBOER甲醇有以下差別：
　　1、光度：乙腈HPLC級吸光度值低。乙腈和甲醇的市銷HPLC級和優級的吸收光譜中，MEBOER乙腈HPLC吸收小(特別是在短波長上小)。所謂HPLC級是除去具有吸收UV的雜質，在規定的波長上吸光度限制在規格值以內。在UV檢測時，產生的噪聲小，因此在進行UV短波長上的高靈敏度分析時乙腈HPLC級適宜。另外，在UV檢測中的梯度基線上也是乙腈HPLC級產生鬼峰少，雖然，其他與水相溶性高的有機溶劑有各種各樣，但很難能找到比乙腈HPLC級吸收更小的。另外，MEBOER甲醇的HPLC級和優級，雖然所得的光譜相差不大，但是優級不能保證吸光度，有可能產生偏差，價格也相差不大，所以盡量使用HPLC級。
　　2、壓力根據有機溶劑的種類或混合比率的不同而異，水/乙腈，水/甲醇混合液的比例與輸液壓力的關系中，甲醇與水混合，壓力增高，而乙腈同樣與水混合壓力較低。所以，乙腈在同樣的流速下不在柱內增加多余的壓力。
　　3、流動相的脫氣在流動相瓶內進行溶劑混合時(等濃度系統)，甲醇與水混合時發熱，多余的溶解空氣較易變為脫出氣泡(脫氣容易)；而MEBOER乙腈由于吸熱冷卻，隨著慢慢回到室溫，產生氣泡，所以要考慮脫氣(加溫攪拌，過濾膜，He脫氣)等。
　　4、分離(洗脫)的選擇性乙腈和甲醇在分離的選擇性上不同。由于有機溶劑分子的化學性質(甲醇和乙醇是質子性，乙腈和*是非質子性)不同所致。因此，在用乙腈類不能獲得分離的選擇性，就試用甲醇類看看。
　　5、峰形像水楊酸化合物(在鄰位上具有羧基或甲氧基的苯酚化合物)等，用MEBOER乙腈時拖尾嚴重，用甲醇可抑制。　　另外，聚合物反相柱比硅膠柱，更具有峰形寬的傾向，特別是用聚苯乙烯分析柱檢測芳香族化合物時常見。這在流動相使用甲醇時非常明顯，而用乙腈時不明顯。為此，用聚合物反相柱時建議采用乙腈。
　　6、洗脫能力MEBOER乙腈和甲醇分別用同樣的比例與水混合時，一般情況下，乙腈的洗脫能力強。特別是混合比例低時，從咖啡因和苯酚的洗脫來看，獲得同樣的保留時間，乙腈的比例，只需甲醇的比例的一半以下即可。
　　另一方面，有機溶劑100%或與此極接近時，從胡蘿卜素和膽甾醇來看，常常都是甲醇的洗脫能力強。混合比在50比1等較為特殊時，調制的誤差大，影響保留時間，或平衡化的時間長，MEBOER乙腈遇到這種情況時，用甲醇的10比1混合代替乙腈，操作方便些。溶劑受溫度影響時，不采用容器定量，而采用重量的方法(考慮比重)，可使混合比的誤差減小。